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Big data, eaux usées et Covid-19 : les tests individuels bientôt inutiles ?

par Etienne Henri
service virologie eaux de Paris

La nouvelle va apporter un soulagement inespéré aux autorités sanitaires dans leur traque de la deuxième vague épidémique. Alors que les capacités de tests individuels encore limitées rendent impossible tout dépistage exhaustif des malades et de leurs proches, les gouvernements craignent plus que tout l’apparition de nouveaux foyers infectieux silencieux qui seraient, comme au mois de mars, découverts tardivement.

Dans une étude mise en ligne voici quelques jours, des chercheurs français ont annoncé avoir trouvé un moyen de détecter de manière détournée la diffusion du SARS-CoV-2. L’équipe de Sebastien Wurtez, virologue aux Eaux de Paris, a réussi à suivre avec précision l’évolution de la première vague épidémique au moyen d’un indicateur simple et peu coûteux.

Pour ce faire, ils ont pris leur courage à deux mains et sont allés chercher le virus à l’endroit le plus improbable qui soit : à la sortie de nos toilettes.

Quand les scientifiques vont là où personne n’ose aller

Début mars, alors que l’épidémie n’était que balbutiante en France, les services sanitaires des Eaux de Paris faisaient une découverte étonnante: des traces d’ADN viral de SARS-CoV-2 étaient détectées dans les eaux usées de la capitale.

Ces mesures venaient confirmer ce que les médecins pressentaient, à savoir que le coronavirus ne s’attaque pas uniquement au système respiratoire. Le tube digestif est également une cible de l’infection et des particules virales se retrouvent excrétées dans les selles des malades.

Dans nos villes, le tout-à-l’égout rassemble les eaux usées, et grâce à l’extrême sensibilité de la technique de PCR (la même qui est utilisée pour les prélèvements individuels), les traces de virus peuvent être détectées au niveau des stations d’épuration.

 

assainissement - eaux usées - covid-19

Les stations d’assainissement, prochain point de mesure centralisé du Covid-19. Crédit : SIAAP

 

Au vu des concentrations microscopiques, la présence d’ADN viral dans les stations d’épuration ne présente aucun risque sanitaire. En revanche, les huit semaines de confinement ont permis aux chercheurs de confirmer que la quantité d’ADN viral évolue de façon corrélée avec l’épidémie. En d’autres termes, il est non seulement possible de savoir qu’il y a des malades du Covid-19 dans la ville surveillée, mais également d’en estimer avec une excellente précision le nombre.

Il devrait par conséquent être possible de mettre rapidement en place un réseau de surveillance dans les principales agglomérations pour surveiller, de façon macroscopique, la progression des contaminations sur le territoire. Une trentaine de sites ont déjà rejoint le réseau de surveillance en France métropolitaine, et leur nombre devrait encore croitre dans les prochaines semaines.

Un moyen de surveillance détourné et peu cher

Comme nous avons tous pu nous rendre compte, la surveillance épidémique est un casse-tête sanitaire et politique. En Occident, malgré notre niveau de vie, notre excellence scientifique et les moyens quasi-illimités mobilisés contre le Covid-19, nous restons encore incapables de savoir avec précision combien de citoyens ont été contaminés par le virus.

Dans la plupart des pays émergents, les statistiques sont totalement fantasques et n’ont aucune réalité sanitaire.

La raison est simple : les tests individuels par PCR sont chers, peu disponibles par manque de matériel, et notoirement peu fiables (certaines études font état de 30 % de faux-négatifs). De plus, les personnes asymptomatiques passent totalement entre les mailles du filet.

A moins de tester massivement quotidiennement les 7 milliards de personnes de la planète, ce qui est totalement impossible, nous serions condamnés à rester aveugles face à la progression de l’épidémie.

Or, le suivi épidémique global est un enjeu sanitaire majeur. Tant que nous attendons de voir le nombre de personnes hospitalisées (ou de décès) augmenter brutalement avant de réagir, nous avons plusieurs semaines de retard sur la progression de la maladie. Nous restons aveugles face à la diffusion silencieuse du virus et sommes contraints de prendre des mesures sanitaires drastiques pour qu’elles aient la moindre efficacité.

En mettant en place des tests systématiques au niveau des collecteurs d’eaux usées des grandes agglomérations, les gouvernements pourraient suivre en temps réel la progression du virus. Du fait de cette « mutualisation » des tests, le coût de la surveillance deviendrait négligeable et accessible aux pays les plus pauvres.

Les mesures sanitaires pourraient alors être adaptées plus finement et toute résurgence du virus détectée et tuée dans l’œuf.

graphe

Principaux graphiques de l’étude publiée par l’équipe de Sebastien Wurtzer : la concentration de Covid-19 dans les eaux usées suit, voire précède, la courbe des hospitalisations. Source : medrxiv.

Un avertissement salutaire pour nos investissements

 La publication de l’étude des Eaux de Paris n’est pas qu’une excellente nouvelle sanitaire, c’est aussi un avertissement à ne pas négliger pour les investisseurs.

Depuis la panique boursière du mois de mars, les investisseurs sont en quête de « bons coups » à jouer pour éponger leurs pertes. Le discours médiatique étant totalement focalisé sur le Covid-19, ce sont bien évidemment les valeurs médicales qui ont les faveurs des spéculateurs.

Pas une semaine ne se passe sans qu’une valeur ne flambe après avoir annoncé un dispositif de soin, un nouveau dispositif de test ou une potentielle molécule thérapeutique. Peu importe pour les investisseurs que les produits n’aient pas fait leur preuve ou que l’entreprise n’ait en aucun cas les capacités de fabriquer en masse son produit-miracle : les cours de Bourse peuvent être multipliés par 5 en quelques heures.

Si nos couturiers de quartier étaient cotés sur Euronext, leur valeur aurait fait x20 lorsque le gouvernement a rendu les masques obligatoires dans les transports en commun.

C’est dans ce contexte d’euphorie et d’absence totale de recul que l’étude de l’équipe française vient nous rappeler que nous nous sommes qu’au début de la lutte contre le coronavirus. Les systèmes d’intubation, censés être à la fois le goulet d’étranglement du système hospitalier et le nouvel objectif prioritaire de notre industrie, sont de moins en moins prisés par le corps médical. L’obsession pour ces derniers a disparu aussi vite qu’elle n’était arrivée.

service virologie eaux de Paris

Le service virologie des Eaux de Paris qui contrarie les fantasmes mercantiles du secteur biomédical. Crédit : EdP.

Les tests PCR individuels, aujourd’hui présentés comme l’Alpha et l’Oméga d’un déconfinement réussi, pourraient devenir obsolètes tout aussi rapidement.

Attention, donc, avant d’investir dans une entreprise qui répond aux problématiques d’urgence. Par définition, elles ne durent pas – et les héros du jour ont souvent une gloire boursière éphémère.

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